Créé par l'arrêté préfectoral du 29 juin 1932, le Syndicat de défense des Berges du Céou deviendra Syndicat Intercommunal des Bassins du Céou et de la Germaine en 2005 pour prendre sa dénomination actuelle  suite à l’intégration d’intercommunalités par arrêté préfectoral n° SPG-2015-1 du 9 mars 2015.

Au fur et à mesure des années, le territoire d'intervention du syndicat a évolué avec l'adhésion de nouvelles communes, d’intercommunalités et la prise en compte de nouveaux cours d'eau, la dernière étape étant l’adhésion de la CC Domme - Villefranche du Périgord approuvée le 28 mars 2019.

Aujourd’hui, le SMBVCG compte 4 intercommunalités : la Communauté de communes Cazals Salviac, la Communauté de communes Quercy Bouriane, la Communauté de communes Domme Villefranche du Périgord et la Communauté de communes Causse de Labastide Murat ainsi que les 50 communes adhérentes. Le nombre d'habitants présent sur le territoire du SMBVCG s'élève à 28 809.

Le SMBV Céou Germaine est maître d'ouvrage pour l'étude, la restauration et l'entretien des milieux aquatiques de la partie lotoise des bassins versants du Céou et de la Germaine, intégrant les sous bassins du Bléou et de l’Ourajoux, rendant ainsi possible une gestion plus cohérente des cours d'eau à l'échelle des bassins versants du territoire lotois.

Avec l’adhésion de la communauté de communes Domme-Villefranche du Périgord, le linéaire représente 274 kms  de cours d’eau, couvrant 4 intercommunalités représentant 50 communes.

Le 26 octobre 2017, le SMBV Céou Germaine a modifié ses statuts en vue de proposer le transfert de la compétence GEMAPI "Gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations" obligatoire pour les EPCI à fiscalité propre au 1er janvier 2018.

Les cours d'eau du territoire n’ont pas tous atteint le bon état écologique et chimique en 2015. Le Bléou a pour objectif fixé par le SDAGE, le bon état écologique pour 2027. En effet, plusieurs pressions ou altérations induisent le déclassement de ce cours d’eau :

• Pressions ponctuelles liées aux débordements des déversoirs d’orage (significative)
• Pressions diffuses liées à l’azote d’origine agricole (significative)
• Altération morphologique et de la continuité (modérée).

De plus les cours d’eau classés en bon état ont pour objectif le maintien de cette qualité.

Pour évaluer le bon état des rivières, deux objectifs sont fixés : le bon état écologique et le bon état chimique. Ces deux critères doivent être remplis pour les considérer en bon état.